La Biblioteca Juan de Valdés inició sus labores en Septiembre de 1919, fecha en que se fundó el Seminario Evangélico de Puerto Rico. El edificio que hoy ocupa fue construido en 1965, año en que se obtuvo el premio URBE por su diseño arquitectónico.

La Biblioteca del Seminario lleva el nombre del reformador, humanista y escritor español, Juan de Valdés. El insigne nació en Cuenca, España a principios del siglo XVI. Estudió derecho canónico en la prestigiosa Universidad de Alcalá de Henares en Madrid. Erudito admirable, cuyas obras literarias y testimonios llevaron a muchos nobles intelectuales al protestantismo. Entre sus obras se distinguen: Diálogo Cristiana y las Ciento y Diez Consideraciones. Se destacó en la traducción de los Salmos, además de sus comentarios bíblicos. Juan de Valdés es considerado el primero en traducir al español algunas partes del Nuevo Testamento directamente del original griego.

Las colecciones de la Biblioteca están especializadas en teología, Biblia y áreas relacionadas con la pastoral, dada la naturaleza de los programas que ofrece el Seminario. La misma cuenta con más de 75,000 volúmenes, sobre 600 títulos de revistas, tesis, material audiovisual, archivos verticales y monografías.

La biblioteca promueve un ambiente propicio para el estudio individual y colectivo y la investigación bíblico – teológica en un horario flexible que atiende las necesidades del estudiantado. La Biblioteca mantiene sistemas informáticos que incluyen una base de datos de revistas en línea así como el catálogo de libros que permiten una búsqueda avanzada de los recursos disponibles. Además, es custodia de las colecciones de los distinguidos académicos Harry Emerson Fosdick, Ángel Mergal, Domingo Marrero, Robert McCracken, Paul Kress, Dr. Samuel Pagán, Dr. Lester McGrath Andino, Lic. Adolfo Fortier, Dr. Gene M. Tucker, Dr. Samuel Silva Gotay, Dr. Juan Bek, entre otros.

Su colección más apreciada es el Archivo Histórico del Protestantismo en Puerto Rico, en proceso de digitalización. Por lo antes expuesto, la Biblioteca ha recibido el reconocimiento de constituirse en la biblioteca teológica más grande e importante del Caribe y una de las más importantes de Latinoamérica.